Die unterschiedlichen Fassungen der Düngeverordnung hatten die Bundesregierungen der letzten zwanzig Jahre derart wachsweich formuliert, dass es notgedrungen zu übermäßigen Belastungen des Grundwassers mit Nitrat kommen musste. Darüber ärgern sich vernehmlich Dr. Martin Bach und Mitautoren der Julius-Liebig-Universität in Gießen in der Fachzeitschrift Wasserwirtschaft. In Heft 7-8/2020 schreiben die Agrar- und Umweltwissenschaftler in ihrem Aufsatz „24 Jahre Düngeverordnung - was hat sich getan?“ (S. 40 - 44), dass im Mittel der Jahre 2016 bis 2018 der Überschuss der Sticktoffflächenbilanz immer noch 1,32 Mio. Tonnen Stickstoff betragen habe, „was rund 79 kg N/ha Landwirtschaftsfläche pro Jahr“ entsprechen würde. Davon seien 310.000 Tonnen indirekt der Biogasverstromung zuzurechnen.
Insgesamt sei es trotz der Düngeverordnung in 24 Jahren nicht gelungen, eine großflächige Verbesserung beim Nitratüberschuss - und damit bei der Nitratbelastung des Grundwassers - zu erreichen. Das liege u.a. daran, dass die in den Tabellen der Düngeverordnung angegebenen N-Bedarfswerte für die unterschiedlichen landwirtschaftlichen Kulturen „nicht wissenschaftlich nachvollziehbar“ seien und „keiner fachlichen Überprüfung unterzogen“ worden seien. Notwendig sei es dagegen, die noch tolerierbaren N-Aufbringungsmengen und N-Überschüsse „strickt aus den Anforderungen der Schutzgüter (Grund- und Oberflächengewässer, Atmosphäre, Biodiversität und menschliche Gesundheit)“ abzuleiten. „Der aktuelle Wert von bis zu 175 kg N/ha ist dafür völlig untauglich.“